Biểu đồ phát sinh chủng loài dưới đây lấy theo Wang và ctv. (2009),[2] với tên gọi các bộ lấy từ website của Angiosperm Phylogeny.[3]. Các nhánh với mức hỗ trợ tự khởi động thấp hơn 50% bị bỏ qua. Các nhánh khác có mức hỗ trợ 100% ngoại trừ những nơi có con số chỉ ra mức hỗ trợ cụ thể.

Cho tới năm 2009, phát sinh chủng loài trong phạm vi nội bộ của bộ Malpighiales, ở mức sâu nhất của nó, là một đa phân chưa giải quyết được gồm 16 nhánh. Người ta ước tính rằng sự dung giải trọn vẹn trong phát sinh chủng loài của bộ này cần ít nhất là 25.000 cặp base của dữ liệu trình tự ADN trên mỗi đơn vị phân loại[4]. Tình hình tương tự cũng tồn tại trong bộ Lamiales và nó đã được phân tích ở một số chi tiết[5]. Cây phát sinh chủng loài chỉ ra dưới đây lấy theo Wurdack & Davis (2009)[6]. Hỗ trợ thống kê cho mỗi nhánh là 100% độ tự trợ và 100% xác suất hậu nghiệm, ngoại trừ những chỗ nào có nhãn với phần trăm tự trợ (trước) và phần trăm xác suất hậu nghiệm (sau).

Năm 2012, Xi et al. đã đưa ra cây phát sinh chủng loài được dung giải tốt hơn so với các nghiên cứu trước đó thông qua việc sử dụng các dữ liệu từ một lượng gen lớn hơn. Họ đã bao gồm các phân tích 82 gen thể hạt từ 58 đơn vị phân loại trong 39/42 họ (nhưng bỏ qua họ Rafflesiaceae đang gây vấn đề), sử dụng các phân chia được nhận ra bằng kiến thức kinh nghiệm (a posteriori) bằng cách áp dụng mô hình hỗn hợp Bayes. Xi et al. đã nhận dạng 12 nhánh phụ và ba nhánh gốc chính[7][8].